Existem algumas coisas importantes a serem consideradas aqui.
Primeiro, o Linux vai usar seu hardware de forma diferente. Isso significa que a temperatura será diferente. Pode fazer mais coisas, usar mais energia, ter diferentes velocidades de CPU padrão, etc.
Isso não é uma coisa ruim, é apenas uma coisa.
Segundo, o Linux não superaquecerá sua placa. O kernel foi construído em proteção. Se a sua caixa ficar quente, ela registrará um "Evento Térmico" e, em seguida, desligará ou ajustará as coisas para que funcionem mais frias.
Terceiro, quase todas as placas possuem um circuito de proteção térmica que desliga o computador antes que qualquer dano seja feito. Você não deve retransmitir isso, pois é apenas uma rede de segurança, mas vale a pena mencionar.Por último, o Linux é muito ajustável se você tiver uma necessidade real de rodar mais frio (e não apenas para combinar janelas) você provavelmente pode diminuir a velocidade da CPU, acelerar alguns fãs, desligar alguns recursos gráficos ou matar alguns processos. (Ou talvez até mesmo executar algum hardware em um modo de "economia de energia" que reduz a energia que ele usa.)
Meu conselho é que, se não estiver quebrado, não conserte. Olhe em / var / log / messages e veja se há algum evento térmico, se não houver e o computador não estiver travando, então tudo bem e aproveite sua nova caixa Linux.