Este é atualmente um defeito no Unity / Compiz. O melhor que você pode fazer é ativar a viscosidade da borda. No ccsm (não instalado por padrão porque é instável como todos saem), vá para o Gerenciamento de Janelas e ative "Janelas de encaixe".
Certifique-se de que todas as 4 caixas de seleção estejam marcadas e defina a resistência para 60 e a atração para 20.
Isso deve ajudar a manter suas janelas em uma estação de trabalho.
No entanto, este é um daqueles gostos. Algumas pessoas querem que as coisas se espalhem assim, outras odeiam. Eu pessoalmente estou no grupo do ódio. Espero estar errado e que alguém tenha uma resposta mágica, mas é o melhor que consegui encontrar.
Só para deixar claro, isso não impedirá o comportamento, mas facilitará o gerenciamento.