Esta questão é ampla demais para ser respondida facilmente. Aqui estão algumas coisas complicando isso.
- Alguns aplicativos incluídos no Ubuntu exigem que você ofereça o código-fonte. Alguns não. Então, isso depende especificamente da lista de pacotes incluída na própria máquina virtual.
- Algumas licenças exigem que todos os aplicativos que incluem seu código sejam liberados sob a mesma licença. Se você usar esse código em seu aplicativo da web, sua licença já estará determinada para você. Por exemplo, se você usar um código licenciado sob GPL em seu aplicativo, seu próprio aplicativo seria GPL e você seria necessário para liberar seu código-fonte.
- Em geral, o próprio Ubuntu contém mecanismos pelos quais recuperar o código-fonte, como o dpkg. É possível que esses mecanismos satisfaçam o requisito de fornecer a fonte, mas talvez não. Eu não sou advogado, e esta é uma questão complicada.
Em caso de dúvida, você provavelmente deve consultar um advogado de propriedade intelectual.