Usando esse arquivo, basta clicar com o botão direito e extrair o tar.gz (o mesmo que o .zip). Na nova pasta, localize o arquivo chamado stencyl e verifique se ele está marcado como executável. Você pode fazer isso clicando com o botão direito do mouse, abrindo as preferências e observando a guia Permissões. Você encontrará uma caixa de seleção "Permitir execução" ou algo assim.
Como alternativa, há um PPA (instalador, atualizador) que você pode adicionar. O mais rápido e simples de explicar é abrir um terminal (alt + ctrl + t) e colar essas três linhas:
sudo add-apt-repository ppa:upubuntu-com/games
sudo apt-get update
sudo apt-get install stencyl