Onde está esse arquivo de ícone azul?
É difícil dizer onde está o ícone azul. Muito provavelmente, o seu dispositivo GPS tem esse ícone e está configurado para mostrar esse ícone no início automático.
Por que o Nautilus o usa em vez do ícone da unidade simples?
Como o dispositivo tem o ícone e o arquivo de configuração necessários, o nautilus é configurado para mostrar o ícone quando encontrar um.
Existe uma maneira de dar a cada um dos meus discos um ícone personalizado - para que, quando eu inserir meus vários flash drives, eles tenham um ícone distinto (ou seja, um arquivo 'favicon.ico' na raiz ou algo parecido?)
Sim. Você precisa criar um autorun.inf
e o ícone a ser exibido na raiz da unidade flash ou da unidade interna.
O conteúdo do arquivo autorun.inf deve ser o seguinte: Assumo que o nome do ícone seja "games.svg".
[autorun]
icon=games.svg
É isso. Eu tenho no Ubuntu 12.04. Ele também deve funcionar em versões mais antigas.
Aqui está uma captura de tela do meu nautilus com um ícone personalizado