Faça backup de todos os seus dados importantes em um disco rígido externo ou em um pendrive. Se você não tiver um disco rígido externo ou pendrive grande o suficiente, passe-os gradualmente por um pen drive USB para o disco rígido de outro PC.
Quando a instalação limpa do Ubuntu terminar, passe os dados de volta para o seu PC.
Isso permitirá que você tenha uma instalação limpa do Ubuntu e deixe seus dados intactos.