Isso pareceu ser um problema com o escalonamento e a área de trabalho do Unity.
Depois de redefinir o "fator de escala de texto" para 1,00 na ferramenta Unity Tweak e também redefinir a "escala para as barras de menu e título" para 1, as caixas reapareceram sem exigir um logout. Agora eu sou capaz de redimensioná-los novamente para o 0,875 como é minha preferência. Espero que este tópico ajude alguém que possa ter o mesmo comportamento da área de trabalho do Unity. =) >