Eu estava tendo exatamente o mesmo problema no meu ThinkPad x120e após uma nova instalação do ubuntu-14.04-desktop-amd64 (Ubuntu de 64 bits). Eu entraria no Ubuntu e o mouse desapareceria, o clique direito não faria nada, e todos os outros remédios que vi postados não tiveram nenhum efeito.
O que funcionou para mim:
Eu fiz uma edição limpa do Ubuntu 14.04 32-bit em vez da versão de 64 bits recomendada. Isso funciona muito bem agora!
Outro usuário mencionou que um pouco mais sobre isso pode ser útil. Aqui vai, um post sob a pergunta: 'what-are-the-differences-between-32-bit-and-64-bit-and-which-should-i-choose' fala sobre algumas diferenças fundamentais de 32 bits e 64 bits e uma óbvia é a compatibilidade ... 32 bit geralmente é mais compatível com tudo.
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Não estou dizendo com certeza que o ponteiro do mouse desapareceu devido a um problema de arquitetura, mas parece se encaixar nessa instância. Espero que funcione para voce.