No Linux, você pode remover arquivos usados por um aplicativo. Nesse caso, a entrada da pasta é removida imediatamente para que você não possa mais ver o arquivo, mas o conteúdo real do arquivo só é liberado quando o aplicativo fecha o arquivo.
Arquivos removidos pelo sistema ou devido a erros de hardware geralmente não acabam na lixeira, mas simplesmente desaparecem. Somente se você usar alguns aplicativos, como um gerenciador de arquivos, o arquivo será movido para a lixeira. Como você encontrou o arquivo na pasta da lixeira, provavelmente o removeu por engano.