Você pode:
1) Use a linha de comando de duplicidade como root para restaurar diretamente seus arquivos.
ou
2) Abra a janela de configurações do Deja Dup e escolha restaurar. Quando você pergunta se deseja restaurar os arquivos no local ou em uma pasta, escolha uma pasta. Ele irá restaurar tudo nessa pasta e, em seguida, você poderá mover qualquer coisa que precisar para as suas pastas do sistema.