Não está claro o que você está perguntando, mas aqui vai meu palpite.
Eu suponho que você esteja perguntando se é possível executar o clonezilla sem inicializar de um usb primeiro.
Você pode executar o clonezilla, mas não pode clonar nenhum disco montado. Em outras palavras, você não pode clonar o disco a partir do qual o clonezilla está sendo executado. Você pode clonar outros discos, se tiver algum.