Citando a página de manual :
Sessões do usuário: Para este caso, o nmcli pode falar com o nm-applet para encontrar conexões de usuário. Ele ainda pode falar diretamente com o NetworkManager para manipulando essas conexões. Como o nmcli não tem direta acesso aos dados de configuração do usuário no GConf, o nm-applet manipula em si. Isso pode, por exemplo, fazer com que o applet exiba o chaveiro diálogos quando segredos são necessários.
Pelo que entendi, isso significa que você não pode ver as conexões do usuário sem ter o nm-applet em execução (funciona bem para conexões de todo o sistema).