Por padrão, quando você faz login via ssh, seu diretório pessoal não é descriptografado.
A menos que você veja uma mensagem de erro, um comando funciona (em vez de falhar silenciosamente)
Depois de fazer login via ssh, você precisa descriptografar manualmente sua casa:
ecryptfs-mount-private
cd ~
você verá seus dados agora
ls
Se você deseja automatizar isso, primeiro faça o login via ssh, então execute
sudo nano .profile
Adicione estas linhas e salve o arquivo:
ecryptfs-mount-private
cd ~
Agora você deve ser capaz de iniciar uma nova sessão ssh, você será questionado sobre o seu passowrd uma segunda vez, e então seus dados deverão ser descriptografados.
Pode haver outros problemas com o ssh e os diretórios iniciais criptografados, especialmente para que as chaves funcionem.
Veja: