Embora o Banshee e o amaroK ofereçam a possibilidade de carregar músicas no iPod, não há, até onde eu saiba, opção para restaurar ou formatar essas coisas.
No entanto: O iPod Touch tem uma função de restauração no menu de configurações e eu acho que o meu iPod classic tinha um desses também. Eu não posso mais checar, já que está quebrado há algum tempo.
Se é realmente apenas para se livrar das músicas duplicadas, você pode simplesmente deletar aquelas com qualquer um dos programas linux mencionados.