Eu tenho usado o Ubuntu no meu Disco Rígido Híbrido (SDD + HDD) há mais de um ano, com a primeira partição SDD alocada para o sistema de arquivos raiz to as "/") e segunda partição SDD alocada para "/ home" (que inclui todas as configurações do usuário e também alguns dados básicos do usuário), bem como uma grande partição de dados (para a maioria dos arquivos e pastas de dados do usuário) e uma swap partition no HDD .
E isso parece uma boa configuração com um bom desempenho para meus propósitos.