Consertei, mas não foi assim tão fácil. Eu tive que purgar e reinstalar; apache2, php5, phpmyadmin, mas não toquei no mysql porque tinha medo de perder meus bancos de dados. Phpmyadmin me deu erro 404, eu tive que mudar as permissões de pasta como
sudo chown -R $USER:www-data /var/www
sudo chmod -R 775 /var/www/
Esses links são úteis:
phpmyadmin lança um 404 ao abrir
Não é possível encontrar / etc / apache2 / sites- disponível / padrão ao configurar o Apache
EDIT:
aqui optei por Não, porque ele pode excluir a configuração do banco de dados no phpmyadmin, por sorte todo o banco de dados apareceu no phpmyadmin após a reinstalação.