Mesmo que você possa iniciar o Docky com o comando docky , quando o aplicativo estiver em execução (seja com este comando ou iniciado automaticamente na inicialização), ele será localizado posteriormente no gerenciador de tarefas com o seguinte nome:
mono /usr/lib/docky/Docky.exe
Alternativamente, você também pode eliminá-lo do terminal (este comando deve continuar a funcionar mesmo se o Docky mudar de usar o Mono para usar binários padrão do Linux):
kill $(pgrep docky)