hdparm é provavelmente o que você quer, ele pode controlar basicamente qualquer aspecto de seus discos rígidos que você precisa. Chamado como hdparm -S [value] /dev/hda pode controlar o tempo até que o disco seja colocado no modo standby / ocioso, e você deve usar a página man para verificar outras opções que você achar úteis.
Eu uso rsync para gerenciar todos os meus backups incrementais acima de ssh para um servidor remoto e posso recomendá-lo a você para fins de backup.