Acho que me deparei com o mesmo problema. Verifique minha postagem com a captura de tela, bem como o possível cenário para resolver isso.
De repente, as esquadrias da minha janela ficaram feias e borradas. Eu suspeito que veio de uma atualização do Ubuntu, usando 13.10 com as últimas atualizações.
Eu acho que a união está tentando tornar as molduras das janelas transparentes e me dar uma agradável surpresa, mas ao invés disso eu entendo isso. Eu tentei desativar a transparência no editor de dconf, mas sem sucesso (estava desligado o tempo todo).
O que fazer?