Eu tive o mesmo problema no Ubuntu 14.04 Cairo-Dock. Na inicialização, o encaixe se alinharia à direita da tela e metade dos aplicativos não poderia ser vista. Para trazê-lo de volta ao alinhamento, eu tenho que clicar com o botão direito no dock, ir ao Cairo-Dock, configurar e antes que a janela de configuração aparecesse, o dock se realinharia. Em seguida, teve que fechar a janela de configuração. Tive que fazer isso toda vez que eu reiniciei. Eu tentei desinstalar e reinstalar o Cairo-Dock através da linha de comando, mas isso não funcionou.
Eu cliquei com o botão direito no Cairo-Dock, até o Cairo-Dock, configurei e aguarde a abertura da janela de configuração. Vá para a aba de temas à sua direita. Clique no tema que você escolheu e está usando. Vá para aplicar no canto inferior direito. Agora você terá uma escolha, green tick, continuar e perder todas as alterações que você fez ou a cruz vermelha para cancelar. Eu era apenas capaz de pressionar o botão cancelar e meu dock reparado em si e abriu corretamente desde então. Você pode precisar aplicar as alterações, se isso não funcionar. Você terá que ajustar todos os seus aplicativos, mas funcionou para mim.
Eu mesmo sou um novo usuário, então me diga como você foi.