Não estou familiarizado com o Filelight, mas parece que pode ser um problema nesse software.
Particularmente, se você tiver muitos links físicos em seu sistema de arquivos, o filelight os lerá como se fossem arquivos duplicados, o que pode aumentar muito o número e o tamanho contagem.
Veja aqui para mais informações: link
Você pode ter muitos links físicos se usar algum software de backup, por exemplo.
Dito isto, 111 804 vs 225 é uma grande diferença. E não consigo ver como isso explicaria por que as contagens recursivas são aceitáveis.