Eu tenho o mesmo problema e ele é redefinido após a suspensão / hibernação também. Tem sido relatado, aposto que será corrigido em 14.04.
Além disso, descobri que, quando estou indo para as configurações, preciso clicar duas vezes no botão de desativação, como se ele estivesse desativado e precise ativar / desativar para ter certeza de que está desativado.
Estou usando um indicador de touchpad que eu posso ligar / desligar rapidamente e manter a configuração encontrada aqui: Atareao-team .