Depois de particionar a unidade para o Ubuntu e o Windows, posso usar o utilitário de desfragmentação do Windows na partição do Ubuntu, ou desfragmente cada um com seus próprios utilitários?
Estou planejando instalar a versão 12.04 LTS com o Win7 Pro de 64 bits.
No Linux, você não precisa executar "defrag" ou algo assim devido à maneira como os sistemas de arquivos ext2, ext3, ext4 e assim por diante funcionam.
Basicamente, o que você encontrará é que a fragmentação é evitada deixando grandes quantidades de espaço entre os arquivos, e tendo várias outras salvaguardas e outras.
Para mais informações, você pode ler o artigo Por que o Linux não precisa ser desfragmentado? , isso discute a "inteligência" dos sistemas de arquivos e fragmentação do Linux.
Não, você não pode usar o Desfragmentador de Disco do Windows, porque o Windows não conhece sistemas de arquivos Linux como o EXT4 por padrão e você deve deixá-lo assim.
Existe e4defrag , mas o que você acha que conseguirá executando um trabalho de desfragmentação? Nós não estamos mais nos anos 90 (a Microsoft tentou tirar a desfragmentação das cabeças dos usuários durante o desenvolvimento de Windows Vista . O EXT4 e outros sistemas de arquivos evitam a fragmentação quando possível. Se você se preocupa com desempenho, use SSDs ... para os quais o Desfragmentador de Disco do Windows se recusará a desfragmentar, porque essa é uma ideia estúpida .
tl; dr: O sistema de arquivos já cuida da consistência e desempenho dos dados. Pare de perder tempo e energia, compre um hardware melhor.