Bem, eu tinha o windows 8.1 instalado e tive poucos problemas, você deve tentar fazer o seguinte:
1) Use o easy-bcd para ter sua opção Ubuntu de volta |
2) quando no Ubuntu, basta abrir um terminal e digitar: 'sudo update-grub' (ele fará o grub seu gerenciador de inicialização padrão, se você tiver o burg install type em 'sudo update-burg')
3) Desative a inicialização rápida do Windows 8.1 (link ), inicialização rápida fará com que o ubuntu não consiga acessar suas partições do windows