Então eu encontrei a resposta no final, não é uma correção para abrir o diálogo pendurado por muito tempo, mas é uma solução alternativa para remover a caixa de diálogo de abertura.
abra nautilus.desktop
sudo gedit /usr/share/applications/nautilus.desktop
e defina
StartupNotify=false
Agora, ao abrir pastas, não tenho uma notificação de abertura nem um círculo de carregamento no mouse. Problema resolvido.