O Firefox 46 passou a usar o GTK3 para compilações de desktop Linux e esse é o motivo da mudança na cor de fundo.
Fonte: link
Estou usando o Ubuntu 16.04 e, de repente, a cor da barra de histórico do Firefox mudou para uma mais escura
Não é realmente o maior problema, mas eu me pergunto por que não é assim no meu outro computador com o Ubuntu 16.04.
A remoção de ~/.cache/mozilla
e ~/.mozilla
não fez nada.
Felicidades!