Você desejará criar um grupo e adicionar todas as contas a ele que precisarão acessar o diretório raiz da web. Depois disso, você precisará alterar o grupo da pasta e seu conteúdo.
Você definitivamente desejará adicionar a conta em que o Apache está sendo executado (geralmente o apache) ao grupo, bem como a conta que executará os scripts CGI. Se bem me lembro, seu servidor ftp estará acessando arquivos como a conta que está sendo executada, e não o log in que você está usando quando você o acessa.
Para criar o grupo, você pode usar o seguinte:
$sudo groupadd newgroup
Para adicionar usuários ao grupo, use o seguinte para cada usuário:
$sudo usermod -a -G newgroup username
Para alterar o grupo ao qual a pasta webroot pertence:
$sudo chown -R currentowner:newgroup yourwebrootfolder