O Unity 2D quase não é personalizável no momento. Toda a personalização que existe hoje é através do GConf (/ desktop / unity- Tecla 2d). A partir de agora, não há planos para melhorar isso.
O painel superior não pode ser transparente sem suporte à composição. Metacity (usado no Unity 2D) tem suporte para composição, mas não é bem testado e tem um lista de bugs conhecidos .