O apt-mirror faz a mesma tarefa que você está tentando realizar: ele baixa novos pacotes do repositório e exclui os antigos, então o rsync provavelmente não será melhor que isso.
Como faço para espelhar distribuições específicas do Ubuntu usando o Rsync?
Por exemplo, usando o apt-mirror eu teria as seguintes linhas, então eu só teria o pacote para 12.04
deb (mirror address)/ubuntu precise main restricted universe multiverse
deb (mirror address)/ubuntu precise-security main restricted universe multiverse
deb (mirror address)/ubuntu precise-updates main restricted universe multiverse
deb-amd64 (mirror address)/ubuntu precise main restricted universe multiverse
deb-amd64 (mirror address)/ubuntu precise-security main restricted universe multiverse
deb-amd64 (mirror address)/ubuntu precise-updates main restricted universe multiverse
deb-i386 (mirror address)/ubuntu precise main restricted universe multiverse
deb-i386 (mirror address)/ubuntu precise-security main restricted universe multiverse
deb-i386 (mirror address)/ubuntu precise-updates main restricted universe multiverse
O apt-mirror faz a mesma tarefa que você está tentando realizar: ele baixa novos pacotes do repositório e exclui os antigos, então o rsync provavelmente não será melhor que isso.