Não afetará as coisas a menos que seu sistema começa a ficar sem espaço, caso em que você precisa para pedir mais espaço do seu administrador do sistema (a pessoa que pode usar sudo). Os sistemas de arquivos executam o dandy com centenas de milhares de arquivos; ext3 tem um número de arquivo teto = (volumesize (em bytes)) / (2 ^ 13), o que significa muito.