Isso soa como um bug no SDL2. GUIDS são gerados assim:
E são usados principalmente para configurar o controlador. No entanto, o GUID está identificando apenas o controlador tipo não o controlador real, portanto, dois controladores do mesmo tipo geram o mesmo GUID, o que não é o que os GUIDs devem fazer.
Quanto à solução alternativa, xboxdrv
tem suporte para controladores PS3 quando conectado via USB. Caso você prefira Blutooth xboxdrv
também pode emular um controlador virtual em cima de um regular e permite que você mexa com produto, fornecedor, etc. no virtual, veja examples/evdev.xboxdrv
.
Fiz um relatório de bug: link