O seguinte parece resolver o problema:
Primeiro, desinstale completamente o owncloud-client
sudo apt-get purge libqtkeychain0 libocsync-plugin-owncloud libocsync0 ocsync owncloud-client
Em seguida, instale novamente
sudo apt-get install owncloud-client
Agora, não há mais mensagens de atualização parciais.