Sim, a opção "Instalar ao lado do Windows" fará com que a unidade D perca arquivos ou até mesmo toda a partição.
Portanto, primeiro particione o disco e cole-o na partição ext4 usando o Editor de partições Gparted. Em seguida, execute o instalador do Ubuntu e escolha a opção "algo mais" para instalar manualmente o Ubuntu em uma partição ext4 selecionada.