Eu tive esse mesmo problema algumas vezes com o kile (kate com outro recurso tex). Se a linha for muito longa (ou qualquer outra coisa que não goste), ela aparece com um erro estúpido e você precisa alterar as configurações. Depois disso, ele define o arquivo no modo somente leitura quando você o abre novamente. Verifique o menu de ferramentas, pode ter a opção somente leitura ligada.