Não, não importa. As partições lógicas permitem que você tenha muitas partições em vez de um limite de 4 com MBR. Exemplo:
[part1 windows C] [janelas do part2 D] [part3 Data] [part4 Ubuntu LÓGICO - Parte 5,6,7 (/, Swap e / home)]
Não haverá diferença. Ele é projetado apenas para ser flexível.