Se você tem o Ubuntu em uma partição separada, você deve poder reinstalar a qualquer momento sem derrubar janelas. Então, definitivamente é uma boa ideia particionar a unidade corretamente.
Divida sua partição linux em três com raiz ou '/' com cerca de 20 a 50 gb, um espaço de swap com cerca de 5 a 10 e o restante como / home, para seus próprios programas e dados. Isso tornará o Ubuntu mais estável em todo o mundo.
13.10 é uma versão de desenvolvimento - trata-se de fazer desenvolvimento para a próxima versão estável, que será 14.04, por isso não é uma boa ideia depender de 13.10 a longo prazo.
Sua melhor aposta é instalar 13.10 e atualizar para 14.04 em abril próximo. Então você pode ficar com isso pelos próximos cinco anos ou continuar atualizando a cada seis meses para ter certeza de que você tem o kernel e os recursos mais modernos instalados.
Se você tiver sua partição Linux bem configurada, você terá uma melhor chance de atualizações sem problemas no futuro também!