O sistema de arquivos ainda estava montado no OS1 (Linux) enquanto você o modificava através do OS2 (Windows). Como o OS1 estava em hibernação naquela época, ele não sabia dessas mudanças. Ele só saberá sobre eles depois de desmontar e montar novamente o sistema de arquivos.
No futuro, você deve evitar tais situações desmontando o volume “compartilhado” antes da suspensão, porque o OS1 pode substituir inadvertidamente as alterações intermitentes realizadas pelo OS2 e, assim, corromper os dados ou mesmo o sistema de arquivos de forma irreversível.
Você só deve modificar um sistema de arquivos montado através da árvore de diretórios abaixo de seu (s) ponto (s) de montagem ¹.
(¹ Algumas ferramentas funcionam diretamente em sistemas de arquivos montados e declararão isso explicitamente em sua documentação.)