Eu assumo que o arquivo vhost example.com é nomeado com a letra inicial a, b, c ou d. Por isso, é alfabeticamente antes do arquivo conf padrão vhost.
Se for esse o caso, você pode renomear o arquivo conf padrão (por exemplo) para 000-default
Além disso, certifique-se de que seu arquivo padrão não tenha o mesmo nome de servidor nele.