Desculpe, parece que o problema desapareceu.
Estou usando uma partição true-crypt, que é montada dentro de um compartilhamento de samba.
Isso funciona como esperado, até eu acessar uma pasta dentro do arquivo do windows via samba. Depois disso, é impossível desmontar a partição mesmo após a reinicialização da máquina Windows (e fechar tudo que acessa essa partição na máquina host também).
Atualmente, meu único recurso é reinicializar a máquina host. Alguém sabe o que pode estar acontecendo?