O NTFS é um sistema de arquivos do Windows e não suporta permissões do Unix. A montagem está traduzindo as permissões do NTFS para o Unix.
Resposta curta - se você quiser fazer isso, faça backup dos dados, reinicie na recuperação, desmonte / home, formate o externo como ext4, monte / home e substitua os diretórios, alterando as permissões em cada pasta de usuário de forma recursiva, como segue:
sudo chown USER:USER -R /home/USER
sudo chmod o-rwx -R /home/USER