Eu não estou familiarizado com o WinFF, mas, em geral,
for i in *.mpg ; do
j=${i%%.mpg}
j="${j}.mp4"
WinFF $i $j
done
deve fazer o truque.
Certifique-se de executar isso pela primeira vez com 'echo WinFF' no lugar de 'WinFF' para ver quais comandos serão gerados.