Sugiro que você use rsync em vez de cp para fazer backup dos dados como deseja. O Rsync tem algumas opções para lidar com links simbólicos. Um link sym (bolic) é simplesmente um link para outro arquivo. É um pouco como um 'atalho' na linguagem do Windows.
-l, --links copy symlinks as symlinks
-L, --copy-links transform symlink into referent file/dir
--copy-unsafe-links only "unsafe" symlinks are transformed
--safe-links ignore symlinks that point outside the tree
-k, --copy-dirlinks transform symlink to dir into referent dir
-K, --keep-dirlinks treat symlinked dir on receiver as dir
-H, --hard-links preserve hard links
Aqui está um exemplo fácil:
sudo rsync --verbose --recursive --links --perms --executability --owner --group --times /media/some-user-name/the-c-drive-you-want /media/some-user-name/the-external-drive
Use a opção --dry-run para uma execução hipotética que não grave nada em seu disco externo.
Leia o man rsync para mais informações sobre as diferentes opções.