O Handbrake é a melhor ferramenta para converter arquivos .mkv em arquivos .avi no ubuntu.Run os seguintes comandos no terminal para instalar o handbrake no Ubuntu 12.04,
Edite o arquivo /etc/apt/sources.list,
sudo gedit /etc/apt/sources.list
Adicione as seguintes linhas ao arquivo sources.list aberto,
deb http://ppa.launchpad.net/stebbins/handbrake-snapshots/ubuntu precise main
deb-src http://ppa.launchpad.net/stebbins/handbrake-snapshots/ubuntu precise main
Em seguida, atualize os repositórios
sudo apt-get update
Execute este comando para instalar o handbrake,
sudo apt-get install handbrake-gtk