Se você tiver acesso ao interior do computador, poderá desconectar o cabo de alimentação do HDD interno (quando o sistema estiver desligado, é claro). Então você pode inicializar normalmente a partir do CD e seguir o procedimento normal de instalação para instalar no HDD externo USB. O único problema com esse método é que você precisa configurar manualmente o GRUB e alterar a prioridade de inicialização do BIOS para o primeiro USB e, em seguida, o HDD.