Você não seguiu o guia corretamente porque a configuração do ffmpeg contém apenas --disable-yasm . As pré-configurações são provavelmente para codificação com libx264, mas como o seu ffmpeg configure está faltando --enable-gpl --enable-libx264 você não tem suporte para este codificador.
O pacote libavcodec-extra-53 não afetará o ffmpeg compilado, portanto, não faz nada neste caso.