Eu tenho o mesmo problema no modo "Unity 2D" na tela de logon (metacity + unity-2d-shell) Eu tentei todas as coisas "conhecidas" (gconf + dconf + gsettings) - não ajuda
Mas se mudar para o modo "Unity" na tela de logon (compiz + unit-shell) e ajustes no compizconfig-settings-manager, tudo funciona bem!
Então, se você não se importa de mudar para "Unity" - então você estará bem:)