Existe uma opção chamada "Empty Trash on Exit" no Thunderbird. Talvez essa configuração esteja ativada.
Verifique as configurações da conta clicando com o botão direito na sua conta e acessando "Configurações ...".
Lá, você pode navegar para "Configurações do servidor". Deve haver uma caixa de texto abaixo da legenda "Message Storage" chamada "Empty trash on exit". Certifique-se de que isso não esteja marcado.
Deixe-me saber se isso ajuda.