Não tenho certeza porque não uso o Cinnamon, mas é possível que haja dois ambientes de área de trabalho disponíveis. Ambos têm seus arquivos .desktop em /usr/share/applications . Você pode tentar modificar os que não deseja ver.
Digamos que você tenha dois de "Bluetooth". Meu arquivo .desktop para "Bluetooth" é assim:
[Desktop Entry]
Encoding=UTF-8
Name=Bluetooth Manager
Comment=Blueman Bluetooth Manager
Icon=blueman
Exec=blueman-manager
Terminal=false
Type=Application
StartupNotify=true
Categories=GTK;GNOME;Settings;HardwareSettings;
X-Ubuntu-Gettext-Domain=blueman
(eu removo idiomas estranhos).
Agora, se eu não quiser ver esse "Bluetooth" específico enquanto estiver no Cinnamon e supondo que o outro DE seja Unity , eu editaria o arquivo para a entrada eu não quero ver enquanto estiver no Cinnamon para ficar assim:
[Desktop Entry]
Encoding=UTF-8
Name=Bluetooth Manager
Comment=Blueman Bluetooth Manager
Icon=blueman
Exec=blueman-manager
Terminal=false
Type=Application
StartupNotify=true
Categories=GTK;GNOME;Settings;HardwareSettings;
OnlyShowIn=Unity;
X-Ubuntu-Gettext-Domain=blueman
Observe a segunda e última linha que adicionei. Isso garante que esse "Bluetooth" específico seja visto apenas quando você fizer login em uma sessão do Unity.
Obviamente, você tomaria a precaução habitual de fazer backup de arquivos importantes e sabe como sudo editar arquivos. E sair e entrar novamente completaria o processo.