Primeiro, sua configuração está tocando "rápido e solto" com estruturas de dados MBR. O MBR é geralmente considerado limitado a discos de 2TiB, mas na verdade ele é limitado a valores de 2TiB para pontos iniciais e tamanhos de partição, então, teoricamente, ele pode lidar com apenas 4TiB, embora com o 2TiB final em uma partição. Em seu disco de 3TB (2.7TiB), sua partição maior e final tem cerca de 1TiB de tamanho e começa em torno de 1.7TiB. Portanto, ele está dentro da letra da "lei" do MBR, mas alguns sistemas operacionais e utilitários serão desativados quando este disco for exibido. Nos meus testes, o Linux e o Windows 7 lidaram bem com essa configuração, mas a maioria dos outros sistemas operacionais não. Meus testes eram limitados, porém; é concebível que algum utilitário falharia nesse disco, mesmo sob o Linux ou o Windows 7, e possivelmente corromperia seus dados. Na verdade, meu palpite é que isso é o que está acontecendo com o GRUB, embora eu não tenha certeza disso. No geral, eu teria que recomendar o uso de GPT em discos maiores.
Dito isso, percebo que você pode estar com problemas se estiver tentando usar um disco de 3 TB em um computador mais antigo com um BIOS tradicional em vez de um EFI. Nesse caso, a melhor opção é usar um disco mais antigo e menor como um disco de inicialização do Windows junto com um disco GPT secundário para armazenar dados, programas e Linux. Outra opção é usar DUET ou Clover para obter a inicialização do computador baseado em BIOS no modo EFI. O DUET e o Clover podem ser considerados como carregadores de inicialização do BIOS que adicionam recursos do EFI a um computador do BIOS. Infelizmente, nenhum deles é fácil de instalar e, na última vez que verifiquei, ambos tiveram problemas na maioria dos computadores da AMD. (Eles são mais propensos a trabalhar em sistemas baseados em Intel.)
Não tenho certeza, mas minha suspeita é que o problema que você está enfrentando se deve ao fato de sua partição de inicialização se estender além do final do disco rígido. Assim, se você realmente precisa fazer com que isso funcione como está, minha recomendação é reorganizar suas partições para que as partições de inicialização do Linux e do Windows residam inteiramente sob a marca 2TiB. Use o espaço além desse ponto para uma partição de dados ou programas.
Se a sua placa-mãe suporta inicialização no modo EFI, a melhor opção é mudar para GPT e inicializar no modo EFI. Esta página cobre a conversão do Windows para inicializar no modo EFI. O Linux tende a ser um pouco mais fácil; você só precisa instalar um dos vários gerenciadores de partida EFI para Linux. O GRUB 2 é um desses, embora rEFInd seja mais fácil de instalar manualmente. Observe que a maioria dos computadores vendidos desde meados de 2011 usa o EFI, embora a maioria dos vendidos antes do lançamento do Windows 8 seja inicializado no modo BIOS por padrão. Até mesmo alguns computadores pré-2011 suportam a inicialização via modo EFI.