Isso soa como uma falha de hardware, há algumas coisas em que pensar:
- Se você simplesmente deixá-lo funcionando sem janelas abertas, ele funciona de forma confiável?
- Falha imediatamente quando você abre a segunda janela / programa?
- Você já tentou combinações diferentes de software para verificar se não há um único programa defeituoso?
A coisa mais fácil de verificar é uma falha de memória, que pode causar esses sintomas. Reinicie e, no prompt do grub, selecione a opção 'memtest', deixe-a por pelo menos duas horas e veja se ela relata algum problema.
Mesmo que isso não aconteça, pode valer a pena remover e recolocar cuidadosamente seus cartões de memória.
Se tudo isso estiver claro, conte-nos mais sobre a máquina, qual a sua idade, se ela foi usada com sucesso em outros sistemas operacionais, etc, isso não parece um problema específico do Ubuntu 12.04 neste estágio.